与很多作物相同，甘薯的育种工作主要依赖有性杂交。首先将亲本嫁接至不能结薯的牵牛花及茑萝上，再结合每天8小时的短日照处理，诱导开花，用另外亲本的花粉进行授粉，可结出最多包含4粒种子的蒴果。每粒种子均可成为一个品系，参加逐年选拔。
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上图：等待授粉的甘薯花
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种子萌发后长出的实生苗，品种选育是从实生苗开始的，一个品种的审定要经过实生苗筛选、一级复选圃、二级复选圃、鉴定圃、省级区域试验、国家区域试验、生产示范等程序，一般需要5-7年。