茄子褐纹病菌是一种真菌，以病残体在土壤中越冬，也可以以菌丝体潜伏于种皮内部或以分生孢子粘附在种子表面越冬。病菌在种子上可存活两年，在土壤中的病残体上存活两年以上。种子带菌可造成病害的远距离传播，同时也是引起幼苗猝倒的主要原因，病菌的分生孢子在田间依靠风、雨、昆虫和农事操作传播。遇到80％以上的高湿度，高温度（气温28℃~30℃）天气，3~5天就能普遍发生。阴雨的天气或在低洼，通风条件差，排水不良，土壤粘重，偏施氮肥或脱肥的田块发病较重。另外，重茬、播种早、定植迟，作物密度大都会加重发病。
防治措施包括：选种抗病的品种；与非茄科蔬菜轮作3年；种子消毒。可用10％的“401”抗菌剂1000倍液浸种30分钟，300倍福尔马林溶液浸种15分钟或1％高锰酸钾溶液浸种10分钟，然后用清水反复冲洗晾干后播种。也可以用50％苯菌灵可湿性粉剂和50%福美双可湿性粉剂各一份与干细土3份混匀后，用种子重量的0.1％拌种。育苗床土壤消毒。方法是每平方米用50％多菌灵可湿性粉剂或50％福美双可湿性粉剂10克拌细土2公斤制成药土。播种时，取1/3药土撒在苗床上铺垫，2/3药土盖在种子上。加强田间管理：种前将地深耕细耙整平，增施充分腐熟的优质农家肥和复合肥作底肥，避免偏施氮肥；结合定植拔除病苗，密度适中，保证植株间通风透光；采用地膜覆盖起高垄栽培和膜下灌水，降低田间湿度；发现病株，病果及病叶及时拔除（摘除），并带出园外烧毁或深埋。药剂防治：苗期可用75％百菌清可湿性粉剂、70%代森锰锌可湿性粉剂、58％甲霜灵锰锌可湿性粉剂、50％克菌丹可湿性粉剂500倍液或40%甲霜铜600倍液喷雾防治。结果期可使用50%克菌丹可湿性粉剂500倍液、40%福星(氟硅唑)5000~6000倍液以及百菌清、代森锌、福美锌、波尔多液等药剂防治。在发病初期及时喷药并间隔5~7天连续防治2~3次。