百香果每年基本收完夏秋2季后，在入冬前需要对百香果树进行1次消理性的修剪，剪除病虫枝，回缩剪除严重跨株生长的枝蔓，疏除难密部分的较弱枝蔓，让阳光可以照射全株，又可减少各植株之间的互相干扰。但修剪也不宜过重，否则易出现一些植株修剪后全株的死的情况。若原先的主蔓领导枝因病枯萎，可用二次梢代替原领导枝。
百香果原产热带，无冬眠习性，只因冬季气温和土温过低，体内生理活性大大降低，但仍保留低水平的生理活力，遇暖冬或某些时段出现10~15℃较暖和的晴天，仍会进行低水平的光合作用、水分吸收和通过叶片气孔的水分蒸腾保持体内低水平的水分流通。百香果没有一些冬眠植物具有的可储留大量有机营养的器官和组织，无法供冬期植株维持生命和冬眠结束后发新芽、新根的营养需要，因而往往在“饥寒”和“干旱”环境下被迫死亡。因此，冬前修剪时，每株都要保留生长较壮旺的二级和三级侧蔓中60~80厘米长带叶的枝段，全株至少有100片以上健全的叶片。天气极度干旱，根际土壤极度缺水时，也需要少量喷淋或滴灌1~2次水，使越冬根系可吸到一些水分，避免缺水枯死；或结合防寒在叶群上覆上保暖塑料膜，在根部覆盖一些干草或黑膜，减少土壤水分蒸发，都可保护植株有一定水分供应而安全越冬。注意不要大量凋灌淋水。