一、降温催蕾
当菌丝长满料袋达到生理成熟后，应将温度降至15℃左右，使金针菇菌丝在低温刺激下尽快转入生殖生长。当培养料面出现淡黄色液滴，则预示不久即将出菇。这时，应将菌袋全部搬出菇房，并整齐直立排放于床架上或直接排放于地面上进行出菇管理。常规出菇管理是在即将形成菇蕾时敞开袋口，再在袋口覆盖报纸或薄膜，进行保湿控氧，经过一段时间的管理，直接从料面形成菇蕾并发育成子实体。根据经验在菇蕾形成后暂不解开袋口，再继续培养5-10天，然后再采取一定的措施，使菇蕾生长受到限制，即"抑蕾栽培"。这种方法出菇整齐，产量高，质量好。
二、适时抑蕾
当菌袋料面现蕾后，再培养5-10天，即可形成针尖状成丛密集的菇蕾，这时应将袋口敞开拉直，并顺手将袋口向外翻折2-3次至近料面，再通过对流的干燥风横吹，使较长针尖状菇蕾失水萎蔫倒伏。一般倒伏后第三天，可明显看到从菇柄的基部重新长出密集的菇蕾，且长度一致。如果3-4天后仍无新的菇蕾出现，手触摸已萎蔫的菇蕾有刺感，则可轻喷水一次，并覆盖塑料膜保湿。整个抑蕾过程为3-8天。
三、适时拉袋
抑蕾结束后，当新形成的菇蕾长至4-5厘米高时，可拉直袋口。注意不可拉袋过早，否则易造成菌袋中间菇蕾缺氧而不能充分发育，导致产量下降。拉高袋的目的是增加袋内二氧化碳浓度和空气相对湿度。根据栽培室的通风状况和栽培规模的大小，拉直袋口的时间可一次完成也可二次完成。
四、子实体生长期的综合管理 抑蕾结束后，随着时间的推移，子实体逐步进入快速增长期，这时应加强对温度、湿度、氧气、光线等方面的综合管理，以培育出产量高、质量优的商品菇。在温度管理方面，要采取措施控制子实体生长温度在12-18℃范围内，低于12℃，子实体生长缓慢，但质量较好，低于3℃子实体难以形成或停止发育。气温高于18℃，特别是高于20℃时，子实体生长虽然较快，但质量较差。湿度管理主要是控制室内相对湿度在80%-90%，如果湿度高于92%则会导致菇盖呈水渍状，甚至诱发软腐病和褐色斑点病。具体操作时可在出菇初期向地面和空间喷水，以后根据情况可向菇体喷适量雾状水。金针菇属于好气性菌类，不能忽视菇房的空气流通。并且在光线方面要进行弱光管理。另外金针菇具有强烈的向光性，栽培袋摆放好之后一般不宜移动，工作光源也应尽量固定，否则菇柄就会发生扭曲现象。
总之，金针菇子实体生长阶段的管理就是对温、湿、气、光等因素的综合管理，满足子实体生长发育对环境条件的要求，从而培育出高产、优质的金针菇。